中華民國渡輪
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中華民國的渡輪服務，主要用於離島聯外交通與內河短程運輸。對於離島來說（尤其是澎湖、金門、馬祖這三大離島地區），渡輪是與臺灣本島、或其他離島間重要的大眾運輸工具，即使部分離島早已闢建機場，但航空方式的運費較高，加上水運可大量運輸人員與物品的特性，使得渡輪仍佔有重要地位。而對於台灣本島的水上交通來說，由於陸上交通系統的完備，渡輪原有的大眾運輸功能已被取代，使得渡輪業者改為提供觀光遊憩服務為主，如淡水河的藍色公路航線。
渡輪業者與航線
本列表臚列渡輪業者與營運航線。
臺灣島與離島間航線
- 馬祖列島
- 基隆港—馬祖港（福澳碼頭區、中柱碼頭區）
- 基隆港—馬祖港（福澳碼頭區、中柱碼頭區）航線，由新華航業股份有限公司業者營運，行駛該航線的船舶為連江縣（政府）所有，委由新華航業股份有限公司運行的臺馬之星，可乘載580人。每週二原則上為臺馬之星公休日不開航，但有時會配合連江縣政府政策，加開航班。臺馬之星往馬祖列島的班次，每月奇數日先駛往南竿島福澳碼頭區，再駛往東引島中柱碼頭區（即先馬後東航班），而每月偶數日則先駛往東引島中柱碼頭區，再駛往南竿島福澳碼頭區（即先東後馬航班）。基隆南竿航程約8小時，基隆東引航程約7小時，南竿東引約2小時。於特定期間（多於旅遊旺季），每月奇數日往馬祖列島的班次，會先駛往東引島中柱碼頭區後，才駛往南竿島福澳碼頭區，之後再一次駛往東引島中柱碼頭區（即東馬東航線）。連江縣縣營事業機構馬祖連江航業有限公司所有，2017年6月1日起委由全港通航業股份有限公司運行的臺馬輪，於2015年臺馬之星營運前，為行駛於該航線的船舶（當時委由新華航業股份有限公司運行），臺馬之星營運後退為二線，僅於臺馬之星每週二公休或無法行駛時，作為臺馬之星的替代船舶（隔週二一次，與合富快輪輪替）。合富海運股份有限公司所屬合富快輪，為國防部租賃的輪船，運輸國軍士兵與補給品，於臺馬之星每週二公休或無法行駛時，提供少量艙位，作為臺馬之星的替代船舶（隔週二一次，與臺馬輪輪替）。
- 澎湖列島
- 高雄港—澎湖港（馬公碼頭區）
- 高雄港—澎湖港（馬公碼頭區）航線，由台灣航業股份有限公司營運，行駛該航線的船舶為臺華輪。臺華輪可乘載1150人，航程為日航4小時，夜航6小時。
- 布袋港—澎湖港（馬公碼頭區）
- 布袋港—澎湖港（馬公碼頭區）航線，由滿天星航運股份有限公司、嘉和海運股份有限公司、凱旋海運股份有限公司、百麗航運股份有限公司、 海有航運股份有限公司五家民營業者營運，行駛該航線的船舶為滿天星航運股份有限公司所屬滿天星1號、滿天星2號、嘉和海運股份有限公司所屬今一之星、凱旋海運股份有限公司所屬凱旋3號、凱旋6號、惠航船舶管理股份有限公司所屬百麗輪、海有航運股份有限公司所屬太吉之星。
- 將軍漁港—東吉漁港
- 將軍漁港—東吉漁港航線，由詠傑海運科技股份有限公司營運，行駛該航線的船舶為詠傑海運科技股份有限公司所屬東吉福氣輪。
- 琉球嶼
- 東港鹽埔漁港（東港泊區）—小琉球漁港（白沙漁港）
- 東港鹽埔漁港（東港泊區）—小琉球漁港（白沙漁港）航線，由飛馬輪船股份有限公司、競強輪船股份有限公司、眾益輪船股份有限公司、東信輪船股份有限公司、觀光輪船股份有限公司與泰富股份有限公司六家民營業者營運，其中飛馬輪船股份有限公司、競強輪船股份有限公司、眾益輪船股份有限公司、東信輪船股份有限公司、觀光輪船股份有限公司五家業者共組「東琉線交通客船聯營處」聯合營運。行駛該航線的船舶為飛馬輪船股份有限公司所屬飛馬輪、競強輪船股份有限公司所屬東昇11號、眾益輪船股份有限公司所屬群益輪、東信輪船股份有限公司所屬翔信輪、觀光輪船股份有限公司所屬光輝輪、泰富股份有限公司所屬泰富1號、泰富2號、泰富3號。
- 東港鹽埔漁港（東港泊區）—琉球新漁港（大福漁港）
- 東港鹽埔漁港（東港泊區）—琉球新漁港（大福漁港）航線，由琉球鄉鄉營事業機構琉興有限公司營運，行駛該航線的船舶為欣泰輪、吉祥如意輪。
- 東港鹽埔漁港（鹽埔泊區）—琉球新漁港（大福漁港）
- 東港鹽埔漁港（鹽埔泊區）—琉球新漁港（大福漁港）航線，由誠翔輪船股份有限公司營運，行駛該航線的船舶為為誠翔輪。
- 鳳鼻頭漁港—琉球新漁港（大福漁港）
- 鳳鼻頭漁港—琉球新漁港（大福漁港）航線，由翔飛航運股份有限公司營運，行駛該航線的船舶為為翔飛輪。
- 綠島
- 伽藍漁港（富岡漁港）—綠島漁港（南寮漁港）
- 伽藍漁港（富岡漁港）—綠島漁港（南寮漁港）航線，由帆利有限公司、龍鴻航業股份有限公司、長杰航運股份有限公司、大發輪船股份有限公司四家民營業者營運。行駛的船舶為帆利有限公司所屬凱旋1號、凱旋2號、龍鴻航業股份有限公司所屬綠島之星2號、長杰航運股份有限公司所屬天王星、大發輪船股份有限公司所屬金星參號、恆星客輪。
- 蘭嶼
- 伽藍漁港（富岡漁港）—開元漁港
- 伽藍漁港（富岡漁港）—開元漁港航線，由龍鴻航業股份有限公司、大發輪船股份有限公司二家民營業者營運。行駛的船舶為龍鴻航業股份有限公司所屬綠島之星、大發輪船股份有限公司所屬恆星客輪，部分班次會繞駛綠島。
- 後壁湖漁港—開元漁港
- 後壁湖漁港—開元漁港航線，由龍鴻航業股份有限公司、大發輪船股份有限公司二家民營業者營運。行駛的船舶為龍鴻航業股份有限公司所屬綠島之星3號、大發輪船股份有限公司所屬金星參號。每年三月中旬至十月初開航，冬季停駛。
新北市內河藍色公路
- 淡水渡船頭—八里渡船頭：順風航業股份有限公司
- 淡水客船碼頭—淡水漁人碼頭：順風航業股份有限公司、台北航運股份有限公司
- 淡水漁人碼頭—八里左岸（客船）碼頭：順風航業股份有限公司（停駛）、台北航運股份有限公司（停駛）
- 淡水客船碼頭—八里左岸（客船）碼頭：順風航業股份有限公司（停駛）、台北航運股份有限公司（停駛）
- 水上巴士（華江碼頭—忠孝碼頭）：好樂好股份有限公司
- 水上巴士（忠孝碼頭—大稻埕碼頭）：好樂好股份有限公司
高雄市觀光交通渡輪
- 新光碼頭—旗津輪渡站：高雄市輪船股份有限公司（假日行駛）
- 鼓山輪渡站—旗津輪渡站：高雄市輪船股份有限公司
- 前鎮輪渡站—中洲輪渡站：高雄市輪船股份有限公司
日月潭交通船
- 水社碼頭—伊達邵碼頭—玄光碼頭—水社碼頭
- 水社碼頭—伊達邵碼頭—玄光碼頭—水社碼頭航線，由湛岸沙蓮日月潭遊艇船隊、日月潭國際遊艇船隊、挪亞方舟遊艇有限公司、水社海觀光遊艇船隊共同營運。
- 水社碼頭—玄光碼頭—伊達邵碼頭—水社碼頭
- 水社碼頭—玄光碼頭—伊達邵碼頭—水社碼頭航線，由碼頭船舶聯盟營運。
澎湖群島航線
- 澎湖本島往返望安島、七美嶼
- 馬公第三漁港—潭門漁港—七美漁港
- 馬公第三漁港—潭門漁港—七美漁港航線，由澎湖縣縣營事業機構澎湖縣公共車船管理處營運。澎湖縣公共車船管理處以南海之星、南海之星2號兩艘船舶行駛此航線。澎湖本島馬公第三漁港與望安島潭門漁港之間的航程約50-60分鐘，望安島潭門漁港與七美嶼七美漁港約30-36分鐘，每日往返一班次。此外，澎湖縣公共車船管理處會因應旅運需求，不定期安排延駛至高雄港。
- 澎湖本島往返將軍澳嶼、望安島
- 馬公第三漁港—將軍南漁港—潭門漁港
- 馬公第三漁港—將軍南漁港—潭門漁港航線，由光正遊覽交通有限公司營運，行駛該航線的船舶為光正遊覽交通有限公司所屬光正陸號，往來於澎湖本島馬公第三漁港、將軍澳嶼將軍南漁港與望安島潭門漁港之間。每日往返一班次。
- 澎湖本島往返虎井嶼
- 馬公第三漁港—虎井漁港
- 馬公第三漁港—虎井漁港航線，由民營交通船安勝貳號、安通陸號行駛，安勝貳號、安通陸號為個人所有之船舶，但所有者並不相同，往來於澎湖本島馬公第三漁港、虎井嶼虎井漁港之間。每日皆往返兩班次。
- 澎湖本島往返桶盤嶼
- 馬公第三漁港—桶盤漁港
- 馬公第三漁港—桶盤漁港航線，由民營交通船桶盤之星行駛，桶盤之星為商號桶盤之星遊艇行所有之船舶，往來於澎湖本島馬公第三漁港、桶盤嶼桶盤漁港之間。每日往返兩班次。
- 澎湖本島往返大倉嶼
- 重光漁港—大倉漁港
- 重光漁港—大倉漁港航線，由偉翔遊樂有限公司營運，行駛該航線的船舶為偉翔遊樂有限公司所屬偉翔一號，往來於澎湖本島重光漁港、大倉嶼大倉漁港之間。每日往返兩班次。
- 澎湖本島往返花嶼
- 馬公第三漁港—花嶼漁港
- 馬公第三漁港—花嶼漁港航線，由望安鄉鄉營事業機構澎湖縣望安鄉公共車船管理所營運，行駛該航線的船舶為望安鄉（公所）所有的八罩之星，往來於澎湖本島馬公第三漁港、花嶼花嶼漁港之間。週一、週三、週五往返一班次。
- 白沙島往返吉貝嶼
- 赤崁漁港—吉貝漁港
- 赤崁漁港—吉貝漁港航線，由全港通航業股份有限公司營運，行駛該航線的船舶為白沙鄉（公所）所有，委由全港通航業股份有限公司運行的白沙之星，往來於白沙島赤崁漁港、吉貝嶼吉貝漁港之間。每日往返兩班次。
- 後寮漁港—吉貝漁港
- 後寮漁港—吉貝漁港航線，由兩艘民營交通船愛民號、愛滿號行駛，愛民號、愛滿號為個人所有之船舶，但所有者並不相同，往來於白沙島後寮漁港、吉貝島吉貝漁港之間。每日皆往返一班次。
- 白沙島往返員貝嶼
- 岐頭漁港—員貝漁港
- 岐頭漁港—員貝漁港航線，由民營交通船愛貝號行駛，愛貝號為個人所有之船舶，往來於白沙島岐頭漁港、員貝嶼員貝漁港之間。每日往返兩班次。
- 白沙島往返鳥嶼
- 岐頭漁港—鳥嶼漁港
- 岐頭漁港—鳥嶼漁港航線，由民營交通船吉鴻號、愛國號和岳興號行駛，吉鴻號、愛國號為個人所有之船舶，但所有者並不相同，岳興號則為武雄交通有限公司所有。往來於白沙島岐頭漁港、鳥嶼鳥嶼漁港之間。每日皆往返一班次。
- 望安島往返將軍澳嶼
- 潭門漁港—將軍南漁港
- 潭門漁港—將軍南漁港航線，由望安鄉鄉營事業機構澎湖縣望安鄉公共車船管理所營運，行駛該航線的船舶為望安鄉（公所）所有的將軍之星、益安參號，往來於望安島潭門漁港、將軍澳嶼將軍南漁港之間。週一至週五往返兩班次。
金門烈嶼航線
- 金門島往返烈嶼
- 金門港水頭港區—金門港九宮港區
- 金門港水頭港區—金門港九宮港區航線，由金門縣縣營事業機構浯江輪渡有限公司營運，行駛該航線的船舶為浯江輪渡有限公司所屬太武號、浯江號、仙洲號。金門島水頭港區與烈嶼九宮港區之間的航程約15-20分鐘，每日7時整至22時整間每半小時自金門島水頭碼頭發船，每日6時30分至21時30分自烈嶼九宮碼頭發船。
馬祖列島航線
- 南竿島往返北竿島
- 馬祖港福澳碼頭區—馬祖港白沙碼頭區
- 馬祖港福澳碼頭區—馬祖港白沙碼頭區航線，由南北海運股份有限公司、長億海運股份有限公司以及大和航業股份有限公司三間公司營運，行駛該航線的船舶爲南北海運股份有限公司所屬吉順貳號、吉順參號、吉順陸號、吉順捌號、長億海運股份有限公司所屬金龍輪、大和航業股份有限公司所屬閩珠貳號、閩珠捌號。南竿島福澳碼頭區與北竿島白沙碼頭區之間的航程約20分鐘，每日7時整至17時30分間每半小時自南竿福澳碼頭發船，每日7時30分至18時整自北竿白沙碼頭發船。
- 南竿島往返莒光列島
- 馬祖港福澳碼頭區—馬祖港青帆碼頭區、馬祖港猛澳碼頭區
- 馬祖港福澳碼頭區—馬祖港青帆碼頭區、馬祖港猛澳碼頭區航線，由佶星航運股份有限公司營運，行駛該航線的船舶爲佶星航運股份有限公司所屬馬祖之星，以及連江縣（政府）所有，委由佶星航運股份有限公司運行的東海明珠。南竿島福澳碼頭區與莒光之間的航程約為50分鐘，但奇數月先至西莒島青帆碼頭區後再經10分鐘航程轉往東莒島猛澳碼頭區，偶數月則先至東莒島猛澳碼頭區再轉往西莒島青帆碼頭區。每日共往返三趟。
- 西莒島往返東莒島
- 馬祖港青帆碼頭區—馬祖港猛澳碼頭區
- 馬祖港青帆碼頭區—馬祖港猛澳碼頭區航線，由商號莒光海運行營運，行駛該航線的船舶為莒光海運行所屬成功號與莒光號，每日自西莒島青帆碼頭發船至東莒島猛澳碼頭後折返共四趟。西莒島青帆碼頭區發船與東莒島猛澳碼頭區之間的航程約10分鐘。此外佶星航運股份有限公司的馬祖之星亦會在西莒、東莒兩島之間接駁旅客後，再返回南竿。
- 南竿島往返東引島
- 馬祖港福澳碼頭區—馬祖港中柱碼頭區
- 馬祖港福澳碼頭區—馬祖港中柱碼頭區航線，由全港通航業股份有限公司營運，行駛該航線的船舶為馬祖連江航業有限公司所有的臺馬輪（委由全港通航業股份有限公司運行）。如遇臺馬輪無法行使時，則以連江縣（政府）所有，委由佶星航運股份有限公司運行的東海明珠作為替代船舶。南竿島福澳碼頭區與東引島中柱碼頭區之間的航程約90分鐘。
小三通航線
- 金門往返廈門（金廈小三通）
- 金門港水頭港區—廈門港五通客運碼頭
- 金廈小三通後，使金門港水頭港區得與廈門港五通客運碼頭通航。金門港水頭港區—廈門港五通客運碼頭航線，由於中華民國登記的金安航運股份有限公司、金廈海運股份有限公司、大榮海運股份有限公司、坤龍航運股份有限公司四家民營公司，與於中華人民共和國登記的廈門三聯船務企業有限公司、廈門輪總海上客運旅遊有限公司、中遠海運（廈門）有限公司、廈門灣海上旅遊客運有限公司四家公司，共八家公司共同營運 ，行駛該航線的船舶為金安航運股份有限公司所屬金星6號、金廈海運股份有限公司所屬金瑞龍輪、新金龍輪、大榮海運股份有限公司所屬馬可波羅1號、坤龍航運股份有限公司所屬東方之星、廈門三聯船務企業有限公司所屬新武夷輪、廈門輪總海上客運旅遊有限公司所屬迅安號、捷安輪、中遠海運（廈門）有限公司所屬新五緣輪、廈門灣海上旅遊客運有限公司所屬和平之星。金門島水頭港區與廈門島五通客運碼頭之間的航程約30分鐘。
- 金門住返泉州（金泉小三通）
- 金門港水頭港區—泉州港南安石井口岸
- 金泉小三通後，使金門港水頭港區得與泉州港南安石井口岸通航。金門港水頭港區—泉州港南安石井口岸航線，由於中華人民共和國登記的泉州市海上客運有限責任公司營運，行駛該航線的船舶為泉州市海上客運有限責任公司所屬蓬江輪、八方輪。金門島水頭港區與泉州南安石井口岸之間的航程約50分鐘。
- 連江（馬祖）往返福州
- 馬祖港福澳碼頭區—福州港馬尾客運站（兩馬小三通）
- 兩馬小三通後，使馬祖港福澳碼頭區得與福州港馬尾客運站通航。馬祖港福澳碼頭區—福州港馬尾客運站航線，由於中華民國登記的長億海運股份有限公司、大和航業股份有限公司二家民營公司，與於中華人民共和國登記的福州程泰船務有限公司，共三家公司共同營運，行駛該航線的船舶為長億海運股份有限公司所屬金龍輪、大和航業股份有限公司所屬閩珠捌號、福州程泰船務有限公司所屬安麒輪，三艘每船舶月各行駛約十日，安麒輪的船期為每月上旬，金龍輪的船期為每月中旬，閩珠捌號的船期為每月下旬。南竿島福澳碼頭區與福州馬尾客運站之間的航程約90分鐘。
- 馬祖港白沙碼頭區—福州港黃岐客運站（白沙黃岐小三通）
- 白沙黃岐小三通後，使馬祖港白沙碼頭區得與福州港黃岐客運站通航。馬祖港白沙碼頭區—福州港黃岐客運站航線，由於中華民國登記的南北海運股份有限公司、大和航業股份有限公司二家民營公司，與於中華人民共和國登記的福州程泰船務有限公司，共三家公司共同營運，行駛該航線的船舶為南北海運股份有限公司所屬吉順九號、大和航業股份有限公司所屬閩珠捌號、福州程泰船務有限公司所屬安麒2號，閩珠捌號的船期為每月上半旬，吉順九號的船期為每月下半旬，安麒2號則每日運行。北竿島白沙碼頭區與福州港黃岐客運站之間的航程約30分鐘。
臺灣海峽航線(大三通航線)
- 基隆往返廈門
- 基隆港—廈門國際郵輪中心
- 基隆港—廈門國際郵輪中心航線，由廈門閩台輪渡有限公司營運，行駛該航線的船舶為廈門閩台輪渡有限公司所屬中遠之星。
- 基隆往返台州
- 基隆港—台州港大麥嶼口岸
- 基隆港—台州港大麥嶼口岸航線，由廈門閩台輪渡有限公司營運，行駛該航線的船舶為廈門閩台輪渡有限公司所屬中遠之星。
- 臺北往返平潭：
- 臺北港—平潭澳前口岸
- 臺北港—平潭澳前口岸航線，由福建海峽高速客滾航運有限公司、東聯航運股份有限公司營運、行駛該航線的船舶為福建海峽高速客滾航運有限公司所屬海峽號、東聯航運股份有限公司所屬麗娜輪。
- 臺中往返廈門
- 臺中港—廈門國際郵輪中心
- 臺中港—廈門國際郵輪中心航線，由廈門閩台輪渡有限公司營運，行駛該航線的船舶為廈門閩台輪渡有限公司所屬中遠之星。
- 臺中往返平潭
- 臺中港—平潭澳前口岸
- 臺中港—平潭澳前口岸航線，由福建海峽高速客滾航運有限公司營運，行駛該航線的船舶為福建海峽高速客滾航運有限公司所屬海峽號。